柠檬酸发酵要求较强的通风条件，有利于在发酵液中维持一定的溶解氧量。通风和搅拌是增加培养基内溶解氧的主要方法。随着菌体生成，发酵液中的溶解氧会逐渐降低，从而抑制了柠檬酸的合成。采用柠檬酸或柠檬酸盐类作助洗剂，可改善洗涤产品的性能，可以迅速沉淀金属离子，防止污染物重新附着在织物上，保持洗涤必要的碱性；使污垢和灰分散和悬浮。

柠檬酸发酵完成后，应即时进行热处理，以灭活发酵，絮凝蛋白、提高收率，为提高设备利用率，增设醪液贮罐，通过热交换器，及时将醪液加热至80℃后进入醪液热贮罐，再经泵压入过滤机，除掉固形物及菌体残渣，将清醪液泵入下道工序。由压滤工段送来的柠檬酸清醪液泵入中和罐，在80℃下进行中和。柠檬酸具有令人愉悦的酸味，入口爽快，无后酸味，安全无毒，被广泛用作食品和饮料的酸味剂。

柠檬酸常被作为饲料防霉防氧化剂使用。柠檬酸作为一种防氧化剂，可以螯合饲料中起促氧化剂作用的金属离子，清除超氧阴离子，切断脂质氢过氧化物反应，从而保护饲料的品质。柠檬酸是一种有机酸，可以酸化饲料，降低饲料的pH值，防止饲料被有害病菌污染，发挥杀菌作用。有研究发现，柠檬酸对常见水产病原菌：副溶血弧菌、嗜水气单胞菌、荧光假单胞菌具有持续抑制作用。