由于发酵罐功能的强大，其主要应用于三个领域：食物工业、工业、环境科学。在食物工业上，发酵罐常用于三大类商品，一是出产传统的发酵商品，如啤酒、果酒、食醋等;二是出产食物添加剂;三是协助解决粮食疑问。

　　在药工业上，根据发酵工程技能，开发了品种繁复的药品，如人类、重组乙肝苗、某些品种的单克隆、白细胞介素-2、抗血友病因子等。在环境科学上，主要应用于污水处理中微生物的强化。微生物发酵的兴起带动发酵罐需求的增加，在科技的前进中发酵罐的效果在不断改变，不仅提高了安全性，也逐渐深入到人们的日常生活中。

   在沼气发酵初期，由于加料过程中使空气带入发酵装置，液体原料里也有溶解氧，这显然对甲烷是很有害的。氧的去除需要依赖不产甲烷的氧化能力把氧用掉。因此，降低了氧化还原电位。在发酵装置中，各种厌氧性微生物如纤维素分解菌、硫酸盐还原、酸盐还原、产氨、产乙酸等，对氧化还原电位的适应性也各不相同，通过这些有顺序地交替生长活动，使发酵液料中氧化还原电位不断下降，逐步为甲烷菌的生长创造了适宜的氧化还原电位条件，使甲烷菌能很好的生长。

用于酿造酒用的酵母。多为酿酒酵母（Sac-charomyces cerevisiae）的不同品种。

酒类生产之所以使用酵母，特别是人工培养的酵母，其目的是为了调高率。E．C．Hansen(1883）开始分离培养酵母并将它用于酿造啤酒。丹麦Carlsberg酿造研究所的下面酵母是有名的。其它名的啤酒酵母有德国的Saaz型下面酵母，英、日等国的上面酵母。细胞形态与其它培养酵母相同，为近球形的椭圆体，与野生酵母不同，啤酒酵母是啤酒生产上常用的典型的上面发酵酵母。