除了温度，自制酸奶的另一个主要因素就是时间，而酸奶发酵的时间并不是一成不变的，牛奶的质量、酸奶发酵粉的质量、环境温度、牛奶的初始温度还有酸奶机的恒定温度都会影响发酵时间的长短，所以即使带有定时控制功能，也是形同虚设，需要经过实践来调整，每一个因素的改变都会带来时间的变化；而且酸奶发酵好以后，需要在常温下放置一段时间过后，才放入冰箱冷藏，以免有害菌的侵入，这样的酸奶才是安全的。

酸奶出现品质问题（不凝固或凝块不紧密、脆弱、乳清分离、稀汤状）的原因很多，影响酸奶品质有以下几个主要因素：原料奶中掺水，干物质不足。掺水达15%时，酸奶凝块漂在乳清中。原料奶凝固的能力降低，酸奶凝块脆弱或呈稀汤状。以注射过牛的牛奶生产酸奶会致酸奶不凝，乳液发甜。车间环境、设备被噬菌体污染，使发酵过程缓慢甚至终止；残留的清洗溶液和消毒剂也会致发酵作用终止，使凝块脆弱、乳液发甜。选择不当或单一，发酵温度不适合，发酵时间不够等原因致使酸奶的风味与香味不足。不纯或生产设备管道等被产气菌污染，造成酸奶有气泡，口感发辣，如果被酵母菌污染则有馊味

实际上，口感好的凝固型酸奶营养并不比搅拌型酸奶好。搅拌型酸奶颗粒细腻，更利于消化。有的搅拌型酸奶为了增加浓稠度，会在制作过程中加入一些增稠剂。常见的是明胶和膳食纤维，明胶是蛋白质胶体，易被人体吸收。膳食纤维包括海藻胶、果胶、植物种子胶等，它们有助于消化，而且没有热量，对人体有益无害。与凝固型酸奶相比，搅拌型酸奶的风味更好，营养更。不过，有些增稠剂是淀粉水解产生的糊精、改性淀粉，这类增稠剂含糖量高，会导致血糖升高。