选择合适的回灌方式是重要的。从平面布置上讲，回灌井的布置有“混杂排列”和“边对边排列”两种。前者是生产井和回灌井穿插排列，保持一定的距离；后者是生产井在一边，回灌井在另一边，中间有较远的距离。对这两种排列方式的优劣，专家们看法不一。有的专家支持边对边回灌方式，认为这种方式对裂隙热储层合适。热储层热导率大，水流速度快(已观测到示踪剂重现速度达100m/h)，生产井若离回灌井近，就会发生热干扰。但像巴黎盆地那种孔隙型热储层，生产井和回灌井成为对井，距离约为1km，计算表明，生产井温度可以保持30年，以后逐渐降低。温度下降是缓慢的，可能要5年才下降1~2℃。这些，都和热储有关。回灌井深度的选择也很重要，它可以比生产井浅、相同或深。在美国盖塞尔斯地热田，回灌井一度曾较浅，结果回灌进去的水又重新被开采出来；后来采用深层回灌，就没有发生上述情况。这可能是温度较低的回灌水比重大，容易向下运移的原因。回灌井浅，灌入的水向下流动正好进入生产井；反之，就不会影响生产井。总之，回灌方式的选择取决于地质、环境和经济等综合因素；但一般地说，边对边的、深一些的回灌井布局能避免热干扰。