在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。　矿质氮肥不宜与未腐熟的有机肥混用。未腐熟的有机肥含有大量纤维素，碳多氮少，微生物分解纤维素的同时，吸收大量的矿质态氮，使无机氮转变成有机氮，延缓氮肥肥效。选用质量合格的微生物肥料。质量低下、有效活菌数达不到规定指标、杂菌含量高或已过有效期的产品不能施用。施用时尽量减少肥料中微生物的死亡。应避免阳光直射菌肥，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。一般菌肥不可与有害农yao、化肥混合施用。