酵素可提供人体以下四个功能：

1、增进消化功能、促进营养吸收；

2、将营养转化为有效能量；

3、进行体内净化之作用；

4、参与人体所有新陈代谢过程。  

决定酵素功能的一个非常重要的方面是其是否有科学的主材配方，用何种主材才能决定其有哪些功能，不是种类越多越好，种类多了，单个成分达不到需求阈值，等于没有功能。

由于是发酵的产物，有些产品中包含着益生菌以及众多微生物，在一定条件下，这些益生菌和微生物可以起到促进肠道蠕动的作用，因此可以说，酵素本身并不具有通便减肥的功能，即使酵素产品在减肥瘦身方面被证明有效，也并不是酵素在起作用，而是发酵产物中的益生菌、微生物以及其他产品添加物的功效   。

通过发酵，原料组织受到微生物酶的作用而崩解，原料细胞中的功能性成分得以充分释放出来并发生小分子化而变得容易为人体吸收，有些酵素原料中有一些本身就是草本药材，经过发酵转化可进一步增加其功效，降低其副作用或产生具有抗癌、降血脂、抗氧化、提高机体免疫功能的物质，一些功能性物质例如有抗氧化作用的黄酮(黄酮类、异黄酮、皂苷等)通常以糖苷形态存在，因分子量大而人体难以吸收，只有经过肠道微生物作用后，糖基被水解而除去，苷元(配基)才易被人体吸收而发挥作用 。一些中药之所以需要炮制(用蒸、煮、熬、煎、炼、浸等方法)来增强药效、降低毒副作用其原因在此，而发酵也是一种炮制方法。