一般认为益生元是给益生菌提供“食物”，益生元能够被肠道内有益细菌分解吸收，促进有益细菌生长繁殖。 益生元给益生菌提供“食物”，能够被肠道内有益细菌分解吸收，促进有益细菌生长繁殖。大家所熟悉的双歧因子就是促进肠内双歧杆菌生长的益生元。  益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但影响的方式完全不同，关键区别在于益生元作用于本已存在于肠内的菌群，而益生菌是外部添加的细菌。益生元以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低pH促进双歧杆菌等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。在胃部强酸性的环境下，外来细菌的存活性会受到考验，因为只有活着进人胃肠道的有益菌才能发挥功效，有的益生菌株不能经受胃酸（强酸环境）和肠液（碱性环境）的腐蚀，而益生元不是生物，所以不存在存活率的问题。